V rámci programu Natura 2000 lze požádat o dotace na částečnou kompenzaci snížení hospodářského využití lesů pro zachování původní druhové skladby lesního porostu ve vybraných lokalitách.

Nařízení vlády upravuje podmínky platby v rámci NATURA 2000 v lesích z Programu rozvoje venkova ČR na období 2007 - 2013. Úplné znění podmínek a metodika k tomuto nařízení je k dispozici na stránkách ministerstva zemědělství, viz odkaz. Dotace 60 euro se vyplácí na hektar porostní skupiny za rok po dobu 20 let při splnění podmínek stanovených nařízením vlády.

Žádost může podat soukromý vlastník nebo spoluvlastník lesního pozemku nebo sdružení soukromých vlastníků lesních pozemků. Nemohou žádat veřejné orgány, např. stát - Lesy ČR, Vojenské lesy a statky, kraje a obce apod.Vhodnými příjemci dotace jsou žadatelé spadající do porostní skupinou na lesním pozemku, která se nachází nejméně z  50 % své výměry na území Natura 2000. Lesní hospodářský plán nebo osnovu (LHP nebo LHO) pro podporovanou porostní skupinu musí mít žadatel uložené v digitální podobě v datovém skladu Ústavu pro hospodářskou úpravu lesa. Žadatel je povinen po celou dobu trvání dvacetiletého závazku (i v případě obnovy lesního porostu) zachovat stávající skladbu dřevin, stejný způsob hospodaření.

Žádost o zařazení a žádost o poskytnutí dotace podává žadatel v prvním roce závazku současně, a to do 15. května kalendářního roku (i pro rok 2008). Další roky dvacetiletého období se podává pouze žádost o poskytnutí dotace, a to také do 15. května.

Žádosti se podávají na místně příslušné Zemědělské agentury na formulářích vydaných Státním zemědělským intervenčním fondem.