Šumavu je možno rozdělit do tří pásem ohrožení. Nejméně ohrožené jsou dna dolin s vodními toky, rašeliniště, smíšené porosty a mladé smrkové a podmáčené porosty. Např. v okolí starých smrkových monokultur s přemnoženým kůrovcem bylo v minulých letech v podmínkách NPŠ a sousedního NPBL napadeno jen 5% mladých porostů. Pásmo vysokého rizika je především na polomových plochách se soustředěnou a rozptýlenou kalamitou a v porostech poškozených větrem a kůrovcem (především západní a východní část NPŠ). Prakticky bez rizika jsou porosty, kde je zastoupení smrku do 20%.
Riziková analýza počítá se třemi možnými scénáři: optimistickým, realistickým a katastrofickým. Optimistický scénář předpovídá pouze zasažení pásma vysokého rizika. Pásmo středního a nízkého rizika zůstane nezasaženo. Realistický scénář počítá s náletem kůrovce na většině plochy pásma vysokého rizika, zatímco pásmo středního rizika zůstane zasaženo jen ojediněle a pásmo nízkého rizika nebude zasaženo vůbec. Katastrofický scénář předpovídá nálet kůrovce na většině ploch vysokého a středního rizika, zatímco pásmo nízkého rizika bude zasaženo jen ojediněle a ohniska se nebudou dále rozšiřovat. Za studie také vyplývá, že velice důležité je využít všech dostupných obranných opatření na plochách, kde je možné kalamitu zpracovávat (II. zóny NPŠ). Veškerá kalamita by měla být zpracována nejdéle do března 2008. Snahou správy je odstranit následky kalamity do konce letošního podzimu. "Je téměř stoprocentně jisté, že gradace vznikne do 2-3 let od vzniku optimálních podmínek - v tomto případě poškození stromů větrem. V průběhu roku 2007 je největší šance ovlivnit další vývoj kalamity," říká se ve studii. S vysokým zdrojem kůrovce v roce 2007 se počítá např. v oblasti Černé hory a tzv. kalamitní svážnice pod Trojmeznou, kde se na velké části ploch v minulosti lesnicky zasahovalo a vznikly tu rozsáhlé holiny, zatímco menší plochy zůstaly v I.zóně a tedy bez zásahu, čímž došlo k celkovému oslabení porostů.
Boj proti kůrovci by měl podle studie pokračovat jemnými biologickými metodami, mechanickou asanací a omezeně i uplatněním chemických přípravků. Do jemných biologických metod patří např. feromonové lapače a infikování lýkožrouta pomocí entomopatogenů - houbových mikroorganismů napadajících kůrovce. Toto znamená v podstatě jen podporu pro rozvoj biologických nepřátel kůrovce. Je totiž známo, že při přemnožení kůrovce bývá reakce jeho přirozených nepřátel velmi razantní. Do mechanické asanace patří např. odkorňování padlých kmenů. V NPŠ bude mít přirozená obnova přednost před obnovou umělou. Část již vzniklých holin po těžbě bude ponechána pro tzv. sukcesní dřeviny, tedy pro přirozený vývoj. Od zásahů na podporu obnovy lesa se bude upouštět v porostech, kde se již rozběhlo stadium rozpadu (okolí Březníku).
Z hlediska boje proti kůrovci je plocha NPŠ rozdělena do tří režimů - říkáme tomu diferencovaný management. Režim A bude uplatňován na cca 10% ploch a budou zde praktikovány celoplošné zásahy s důrazem na jemné metody a příležitostně i na mechanickou asanaci (odkorňování). Režim B znamená trvalý či dlouhodobý management lesů - klasická opatření proti kůrovci v plné šíři a intenzitě. Zde by bylo možno ve výjimečných případech aplikovat chemické prostředky na základě výjimky vlády - tu však správa NPŠ ještě nemá. Režim C bude uplatněn na 20% plochy parku - jde o samovolný vývoj s ponecháním 100% dřevní hmoty v lese (malá část bezrizikových II. zón). V kritické situaci tu bude možné aplikovat jen jemné biologické metody - entomopatogeny a feromonové lapače. I.zóny mají svůj samostatný management, většinou bezzásahovost.
Samotná myšlenka spontánního vývoje lesních ekosystémů jako nejvhodnějšího přístupu při obnově přirozeného lesa vychází přímo z nejzákladnějších principů současného lesnického a ekologického poznání. K dispozici jsou již poznatky z vědeckého výzkumu stromového patra v odumřelém horském lese ponechaném bez zásahu, který činí cca 1,4 % výměry lesů národního parku (oblast Březníku). Ukázalo se, že kromě všudypřítomných a hojně zmlazujících smrků a méně početného jeřábu se v prostředí odumřelého lesa začal již v prvních letech objevovat i buk. Les se tu začal samovolně a bez prodlevy obnovovat a díky ponechání suchých stromů na místě nebyla výrazně narušena kontinuita lesního prostředí. V lesích s dominantním zastoupením smrku, ponechaného samovolnému vývoji, nemusí být nutně výskyt lýkožrouta smrkového vysoký a bývá nižší než v sousedních hospodářských smrčinách. "Pokud tedy chceme lesní ekosystémy opravdu chránit před přímou činností člověka a ponechat přírodě, musíme přijmout i všechny přirozené změny, ke kterým v těchto ekosystémech dochází, včetně jejich původců. Viděno tímto pohledem, nejsou ani vichřice, ani lýkožrout nepřítelem horského lesa jako celku, jen koncem života nejstarší generace smrků a dalších organismů vázaných striktně na uzavřené lesní prostředí - avšak zároveň i počátkem života nového," píší v květnové Lesnické práci Jeňýk Hoffmeister z České geologické služby a Miroslav Svoboda z Fakulty lesnické a environmentální v Praze s odvoláním na další vědecké studie.
